Музей-заповедник основан в 1919 году и расположен в нескольких зданиях в городе, ему также принадлежат памятники деревянного зодчества в окрестностях Каргополя — Лядинах, Саунине и Ошевенском.

Основная экспозиция находится в здании Введенской церкви — история города и этнография. Выставки меняются, уточняйте в администрации музея. В Зосимо-Савватиевской церкви — «Наследие древнего Каргополя» — церковное искусство, включая иконы северного письма (Каргополь был одним из самых известных центров иконописи, и каргопольские иконы занимают достойное место в столичных собраниях), мало где сохранившиеся деревянную скульптуру, золотое шитье. В здании Христорождественского собора надо осмотреть фрески и иконостас, они того заслуживают.