Игорь Васильевич Скубенко родился 1 октября 1974 в семье военнослужащего. До 1986 года проживал в Мурманской области. С 1986 года постоянное место жительства - Северодвинск.
Окончил филиал Санкт-Петербургского государственного морского технического университета (Севмашвтуз), факультет «Экономика и управление». В 1998 начал свой профессиональный путь в должности специалиста планово-экономического отдела управления образования администрации Северодвинска. В 2010 году назначен на должность заместителя начальника управления образования администрации Северодвинска. В 2011 году завершил профессиональную переподготовку по направлению «Правоведение в сфере образования». Прошёл повышение квалификации по программе подготовки управленческих кадров в сфере образования в Российской Академии народного хозяйства и государственной службы при Президенте Российской Федерации. В 2013 году назначен министром образования и науки Архангельской области.
С 12 сентября 2017 года - глава муниципального образования «Северодвинск».